Das Museum der Stadt Bratislava besitzt 11 Themenmuseen, die überwiegend im historischen Stadtkern angesiedelt sind. Eine Ausnahme bilden die Burg Devín und das Gerulata-Museum im Stadtteil Rusovce. Die ersten installierten Themenausstellungen des Museums entstanden in den 20er und 30er Jahren des 20. Jahrhunderts in den Räumlichkeiten des Alten Rathauses, im Apponyi-Palais und im Geburtshaus von J. N. Hummel. Zu einer Erweiterung kam es später in den 60er und 70er Jahren des 20. Jahrhunderts. In diesem Zeitraum entstand auch der überwiegende Teil der bis heute bestehenden Museen. Anfang des 21. Jahrhunderts entstand das Arthur-Fleischmann-Museum. Im Rahmen der Gesamterneuerung des Apponyi-Palais in den Jahren 2005 – 2007 wurde neben dem neu installierten Weinbaumuseum auch das Museum historischer Einrichtungen eröffnet. 2011 wurde nach einer Runderneuerung das Alte Rathaus wiedereröffnet, in dem das Museum für Stadtgeschichte untergebracht ist.