Múzeum mesta Bratislavy má 11 tematických múzeí prevažne v historickom jadre mesta. Výnimkou sú hrad Devín a Múzeum Antická Gerulata v Rusovciach. Prvé tematicky inštalované expozície múzea vznikli v 20. až 30. rokoch 20. storočia v priestoroch Starej radnice, v Apponyiho paláci a rodnom dome J.N.Hummela. Rozširovanie ďalších expozícií múzea sa udialov 60. a 70. rokoch 20. storočia. V tomto období vznikla väčšina doteraz fungujúcich múzeí. Na začiatku 21. storočia vzniklo Múzeum Arthura Fleischmanna. V rámci celkovej obnovy Apponyiho paláca v rokoch 2005 – 2007 bolo otvorené popri znovu inštalovanému Múzeu vinohradníctva aj Múzeum historických interiérov. V roku 2011 sa sprístupnila po celkovej obnove Stará radnica kde má sídlo expozícia Múzea dejín mesta.